Свои разъяснения ведомство приводит в письме от 16.09.19 № БС-4–21/18551@.
Обязанность по уплате транспортного налога возлагается на собственников транспортных средств. Если у компании в собственности есть автомобиль (или другое ТС), она должна нести эту обязанность.
После регистрации машины в органах ГИБДД информация об этом по каналам межведомственного обмена поступает в налоговый орган. ИФНС ставит собственника авто на учёт в качестве налогоплательщика. На это законодательством отводится 5 дней.
Соответственно, организация должна уплачивать налог в той местности, где ставила на учёт транспортное средство.